El universo de la historieta japonesa es muy vasto y es por ello una clasificación por géneros. Cada revista puede albergar una gran variedad de géneros por cada ejemplar. En la publicación de Shônen Jump en un mismo número puede tener una serie fantástica como Dragon Ball, una serie policíaca como City Hunter, una comedia estudiantil como Kimagure Orange Road y hasta una serie deportiva como Captain Tsubasa.
Resulta también incorrecto encasillar una serie en particular dentro de un solo género. Un manga de género deportivo puede tener perfectamente elementos de romance o policíaco con tintes humorísticos, obras como Slam Dunk o City Hunter son un ejemplo.
Otro género muy popular en el Japón es el de comics de detectives y espionaje. Un subgénero típico dentro del género de los manga policíacos es el de los yakuza. Género que surge a finales de los años 60 propició la aparición de series como Golgo 13 del autor Tadao Saitô.
Otra serie muy popular que combinaba el género policiaco con la comedia era Monkey Punch. Otro éxito inagotable desde su aparición en 1976 fue Kochira Katsuhika-ku Kôen-mae Hashutsu-jo creado por Osamu Akimoto.
El público occidental suele asociar rápidamente los manga con todo lo que hace alusión al subgénero de la robótica. Este género de ciencia ficción despega definitivamente a finales de los años 40 coincidiendo con el fin de la Segunda Guerra Mundial. Destacan las obras de Tezuka concretamente Metrópolis y Astroboy.
Los años de la postguerra y debido a los avances científicos que podían ser usados para beneficio de la humanidad en tiempos futuros, pero también con el miedo que dichos avances sirvieran para propósitos bélicos.
A finales de los años 50 surge una obra de gran éxito como es Tetsujin 28-gô del autor Mitsuteru Yokohama cuyo protagonista era un robot gigante. Destaca la obra del 8 Man creada en 1963 por Jirô Kuwata y Kazumasa Hirai y la obra Cyborg 009 del autor Shotarô Ishinomori.
En los años 70 la robotmanía está por todas partes en el mundo manga destacando Gô Nagai y la consolidación de Leiji Matsumoto como maestro del género, space opera. En los años 80 y con la influencia de las películas de origen norteamericano, permiten comprobar dicha temática, un ejemplo claro es la movie Blade Runner, donde la tendencia son las historias futuristas sobre mundos post nucleares, siendo la película Akira de Katsuhiro Ôtomo como máximo referente, la película Appleseed abarca la misma temática del autor Masamune Shirow.
El término hentai se aplica a los manga exclusivamente para adultos. Aunque a principios de los 90 han proliferado grupos dedicados a eliminar el manga erótico, el género ha continuado en un lugar importante del mercado. Esto trajo consigo que se creyese que Japón era el paraíso del erotismo y que el término manga se asociase rápida y erróneamente a comic erótico. Asociaciones como Manga Japan y la Manga para la Sociedad para la Protección de la Libertad de Expresión en los manga dirigidos por Shôtarô Ishinomori presidente de ambas asociaciones promovieron la libre expresión en los manga en general como un formato culto y maduro.
El pasado del Japón está lleno de historias de samurais y ninjas, el cual sirvió de inspiración a muchos jidaimono, es decir, relatos de tinte histórico. La figura principal de estos manga originales era un guerrero invencible. Kikuo Nakajima crea en 1935 Hinomaru Hatanosuke. En los años 50 fue muy popular Akado Suzunosuke, creado en 1954 por Eiichi Fukui.
En la segunda mitad de la década de los 50, el género histórico da un giro de 180º al presentar un nuevo estereotipo antihéroe; interpretado por un ninja solitario o un ronin combatiendo a una sociedad injusta y opresora.
Maestros autores de este tipo de personaje de los jidaimono son Sampei Shirato, Hiroshi Hirata y Goseki Kojima, que muestra a la perfección la sociedad del Japón de antaño. Destacamos las obras de Hisashi Takaguchi creador de Ikkyu, Hiroaki Samura creador de Blade, que en España llevaba el nombre de la espada del inmortal, Takehiro Inane creador de Vagabond y Nobuhiro Watsuki creador de Rurôni Kenshin.
En Japón el género de deportes tiene mucha importancia, ya que la práctica deportiva va más allá del simple pasatiempo, es una actividad en la que se da lo mejor de cada uno física y mentalmente.
Los manga del género deportivo se integran en la categoría de los spokon manga, contracción de sport y kondô, espíritu, es decir, mangas de espíritu deportivo. El protagonista de los spokon manga suele recorrer un camino generalmente complicado, pero al final se produce la recompensa al esfuerzo, convirtiéndose así en un lider.
Los deportes más habituales en los spokon manga suelen ser deportes de combate tradicionales, judo y lucha libre. También los deportes de pelota, tienen cabida en los spokon manga. Destacan sobre todas ellas el deporte rey que es el béisbol, pero también tienen su apartado el fútbol, el voleibol, el tenis, el golf y el baloncesto.
Mitsuru Adachi creó varias obras que se diferenciaban de la temática originaria donde sólo imperaba la competitividad y el afán del protagonista fomentando un espíritu ganador frente al espíritu participativo de la competición, Mitsuru proponía historias deportivas más humanas y las relaciones sociales entre los protagonistas, frente a la mera participación del deporte.
El humor japonés representado por varios autores tiene obras muy distantes entre sí. Las obras del autor Fujio Akatsuka representa el humor desgarrador, mientras que las obras de Machito Hasegawa creador del exitoso Sazae-san representa las vivencias cotidianas y el popular Anpanman creado por Takashi Yanase presentando un humor desenfadado.
Los manga de humor de principios de los años 60 se limitaban a contar anécdotas en 4 viñetas. A partir de aquí, con la aparición de Akatsuka se produce una total renovación del género, consiguiendo en sus obras los límites del absurdo. Otros autores aportan sus obras al género como es el caso de Gô Nagai crea en 1968 la obra Harenchi Gakuen, Tatsuhiko Yamagami con su obra Kaki Deka, rompiendo toda clase de tabúes y superando incluso los límites alcanzados por Akatsuka, todo valía y todo era posible en este campo de los gag manga.
Kazuyoshi Torii fue discípulo de Akatsuka creando en 1970 Toiretto Hakase presentando un humor escatológico. Otros autores importantes del gag manga de los años 60 y 70 son Yasuji Tanioka, Shinji Sonoyama creador del cavernícola Gyatoruza y Katsuhiro Hotta creador de la oronda e histérica ama de casa Obatarian.
El autor Yoshihito Usui creador de la obra Crayon Shin-chan presenta un humor irreverente en la misma tendencia de Akatsuka.
Otro fenómeno editorial muy exitoso en Japón son los manga didácticos. De hecho el primer manga con temática educativa data de 1939, concretamente sobre ciencias naturales obra de Aki Reiji, que se editaba con un periódico destinado a escolares de enseñanza primaria. Desde entonces, cualquier temática de los diferentes asignaturas fue abordado por los manga y plasmado en viñetas desde conceptos matemáticos, historia, biografias de personajes famosos hasta adaptaciones de obras literarias. El auténtico boom de los manga didácticos se produce en 1986 de la mano de Shôtaro Ishinomori con su manga Nihon Keizai Hyûmon, destinadas principalmente al público adulto. Este éxito de su obra sirvió de estímulo a otras editoriales del país incluso ajenas al mundo manga para publicar los jôho manga o manga informativos. Shôtarô Ishinomori publicó una historia del Japón en versión manga en 48 tomos que lleva por nombre manga Nihon no Rekishi, también una autobiografía del presidente de Sony, Akio Morita, titulada Made in Japan. El siguiente personaje popular para presentar este tipo de manga es el héroe titular de Kachô Shima Kosaku protagonizando como ser un gran hombre de negocios. Compañías especializadas en convertir amplios textos teóricos en cualquier disciplina en fáciles manuales en forma de manga. En Japón a diferencia de occidente el comic ha llegado a ser reconocido en todas sus valores educativos como elemento perfecto de enseñanza.
El comic japonés por excelencia del género underground es GARO, ya que sufrió varios altibajos debido a la crisis y al cambio de varios propietarios. Otro comic que marcó época desde los años 60 fue COM, donde publicaron autores de la talla de Yoshiharu Tsuge y Shinji Nagashima, y que posteriormente se unieron autores como Kazuichi Hanawa, creador de relatos ambientados en un mundo gótico-macabro, el cual se inspiraba gráficamente en los añejos grabados en madera del siglo XIX. Tuvo un discípulo que le superó incluso en populariedad llamado Suehiro Maruo; El autor Shingo Iguchi crea la obra Z-chan, siendo un detentor de un estilo redondo. Otro autor importante es Yoshikazu Ebisu propone un estilo en sus obras un grafismo tosco y simplista. A principios de los 90 aparece la edición mensual de A-ha siguiendo la línea de GARO y COM. Otros títulos alternativos son Comic Baku (1984), AX (1997 fundada por personas que estuvieron en GARO, Comic Cue, Quick Japan y en 2000 Comic H de edición trimestral. Autores que han triunfado en el manga underground, que va destinado a un público más selecto y más reducido, principalmente por su temática, con el paso del tiempo, dieron el salto al mercado manga comercial trabajando para los grandes del país, como es el caso de editores.
Kodansha publicando en 1986 The OPEN, un suplemento que iba con la revista Comic Morning, dedicada a la publicación de autores noveles de estilo alternativo y poco habitual.
